El 16 de julio de 1885, fue consagrado por el Cardenal Parocchi, Arzobispo de Santo Domingo, al recibir la orden episcopal en Roma. El acontecimiento fue motivo de regocijo en República Dominicana.
La decisión de la Iglesia Católica se produjo en un momento que en el país había un movimiento de peticiones para que se escogiera a un dominicano Arzobispo de Santo Domingo.
Entre las personalidades que pidieron que Monseñor De Meriño, fuera consagrado Arzobispo figuran el obispo Rocco Cocchía, los generales Gregorio Luperón y Ulises Heureaux; así como el educador Eugenio María de Hostos.
El nombre de Monseñor De Meriño encabezó la terna que envió a Roma, el Congreso dominicano, y el presidente de la República, Alejandro Woss y Gil, costeó los gastos de bulas y consagración.
Fue Arzobispo de Santo Domingo desde 1885 hasta la hora de su muerte el 20 de agosto de 1906.
El sacerdote Antonio Lluberes, en su obra Breve Historia de la Iglesia Dominicana 1493-1997, anota que como Arzobispo de Santo Domingo, Monseñor De Meriño “Se empeñó en implementar una serie de medidas para reconstruir la iglesia dominicana, y sin embargo, su proyecto se vio oscurecido por razones tanto internas como externas”, como fueron sus relaciones con el dictador Heureaux, la difusión del pensamiento liberal, en particular el pensamiento de Eugenio de María de Hostos.
Monseñor Fernando Arturo De Meriño, murió siendo Arzobispo de Santo Domingo, el 20 de agosto de 1906.
