SANTO DOMINGO, el 22 de agosto de 1844, La Junta Central Gubernativa, encabezada por el general Pedro Santana, declaró al patricio Juan Pablo Duarte y a un grupo de trinitarios traidores e infieles a la patria.
En el momento que se produjo la decisión, Juan Pablo Duarte, se encontraba escondido en Puerto Plata, luego de que fuera calificado de anarquista por el general Pedro Santana.
La Junta Central Gubernativa cuando declaró a Duarte y a los trinitarios traidores a la patria era encabezada por el General Pedro Santana. Sus demás miembros eran Tomás Bobadilla, Manuel Jimenes, Félix Mercenario, Toribio Mañón, J. Tomás Medrano, Norberto Linares, Toribio L. Villanueva y Félix M. Marcano, secretario.
Con Juan Pablo Duarte, la Junta declaró traidores a la patria a los generales Francisco del Rosario Sánchez, y Matías Ramón Mella; a los coroneles Pedro Alejandrino Pina y a Gregorio del Valle.
También fueron declarados traidores el comandante Juan Evangelista Jiménez, el capitán y poeta venezolano Juan José Illas y el ex secretario de la Junta, Juan Isidro Pérez.
Al considerar que Duarte y sus compañeros habían sido traidores e infieles a su patria, «y como tales eran indignos de los empleos y cargos que ejercían, de los que quedaban depuestos y destituidos, ordenando que todos ellos fueran inmediatamente desterrados y extrañados á perpetuidad del país, sin que pudieran volver á poner el pié en él, bajo la pena de muerte, que sería ejecutada en la persona del que lo hiciera, después que fuera aprehendido y se justificara la identidad de su persona, á cuyo efecto se le daba poder y facultad á cualquiera autoridad civil y militar que verificara la captura, todo ello sin perjuicio de las indemnizaciones civiles que debieran al erario público ó á algunos ciudadanos particulares, por la mala inversión que hubieran tenido en sus empleos, por el abuso de poder que hubieran hecho, ó por los daños y perjuicios que hubieran causado». (sic)
Con la decisión se intensificó una política de intolerancia que llevaría al exilio a Duarte, a sus seguidores y a su familia.
El 24 de julio de 1844, la Junta Central Gubernativa, presidida por el general Pedro Santana, había rechazado la decisión de los pueblos del Cibao de proclamar a Duarte, Presidente de la República.
La decisión se produjo cuando una comisión encabezada por el coronel Domingo Mallol y Juan Luis Franco Bidó, le entregó el 24 de julio, la proclama aprobada en Santiago de los Caballeros, por los pueblos del Cibao, el día 19 de julio de 1844.
El mismo día 19 de julio, el prócer Matías Ramón Mella, Jefe del Departamento de Santiago y frontera del Noroeste, envió el informe a la Junta Central Gubernativa, en el que le comunicaba de manera oficial que Juan Pablo Duarte, había sido proclamado Presidente de la República por los pueblos del Cibao.
En el momento que dirigió el documento a la Junta Central Gubernativa, Matías Ramón Mella, ignoraba que en la Capital el general Pedro Santana había dado un golpe el día 16 de julio que desalojó del primer organismo de Gobierno dominicano a los trinitarios que encabezaba Francisco del Rosario Sánchez.
De esa manera, los conservadores que presidía Tomás Bobadilla, retomaron el control de la Junta Central Gubernativa, que era dirigida por los trinitarios desde el día 9 de junio de 1844.
La nueva Junta rechazó el documento de Mella, y el día 24 de julio de 1844, dio a conocer un manifiesto en el que advirtió que “no reconoce ni reconocerá el nombramiento de Presidente en el General Duarte ni en ninguna otra persona, a menos que no sea hecho por el Congreso Constituyente”.
El día 16 de julio de 1844, a las 3 de la tarde, el general Santana, consumó el golpe contra los miembros de la Junta Central Gubernativa, que presidía el prócer Francisco del Rosario Sánchez.
Al tomar la decisión, asumió la Presidencia del organismo de Gobierno y reintegró a los miembros que desalojaron los trinitarios el día 9 de junio de 1844, cuando dieron un golpe y nombraron Presidente a Francisco del Rosario Sánchez.
El general Santana, jefe del Ejército del Sur, entró con sus tropas a la ciudad de Santo Domingo, el 12 de julio de 1844.
Con su llegada a la ciudad inició un plan para derrocar a la Junta Central Gubernativa que presidía el prócer Francisco del Rosario Sánchez.
El propósito de Santana era instalarse como Dictador, pero el cónsul Saint Denys, lo convenció de que lo más conveniente era que sacara a los miembros de la Junta Central Gubernativa que encabezaba Sánchez y se reintegrara a los que integraban el organismo cuando lo presidía Tomás Bobadilla y Briones.
Saint Denys calificó de ilegales a los miembros de la Junta escogidos con Sánchez.
El golpe que llevó a los trinitarios a controlar la Junta fue ejecutado el día 9 de junio. Lo hicieron para sacar del organismo a los conservadores encabezados por Tomás Bobadilla, quienes deseaban convertir la naciente República Dominicana en un protectorado de Francia.
Los trinitarios estimaban que Tomás Bobadilla y los miembros de la Junta Central Gubernativa, José María Caminero, Francisco Javier Abréu y Francisco Ruíz, eran culpables de conspirar contra la soberanía nacional al mantener negociaciones encaminadas a obtener la protección de los franceses.
Al consumarse el golpe de Estado contra la Junta Central Gubernativa, el prócer Francisco del Rosario Sánchez fue escogido Presidente en lugar de Tomás Bobadilla.
Como demás miembros de la Junta Central Gubernativa, fueron designados los trinitarios Pedro Alejandro Pina, Manuel María Valverde y Juan Isidro Pérez, quienes fueron perseguidos por disposición del general Santana.
Al tomar el poder, Santana desató un plan represivo contra los trinitarios.
